Na verloop van tijd bleek zo’n colonie scolaire ook beperkingen te hebben: de slavenkinderen bleven niet komen en de naburige ‘heidenen’ raakten, ondanks alle klokgelui, niet bekeerd als al die oud-leerlingen naar de kazerne verdwenen. Vandaar dat de jezuïeten uitpakten met het systeem van de fermes-chapelles of kapelboerderijen. In de buurt van een bestaand dorp begonnen ze een nieuwe nederzetting waar plaatselijke kinderen in relatief isolement leerden bidden, lezen en tuinieren. De nadruk lag op dat relatieve isolement: men moest hen lang genoeg weghouden van hun gebruikelijke cultuur, anders vielen ze terug in het ‘heidendom’. ‘Die zwarten beschaven en hen tegelijk in hun eigen milieu laten, is als een drenkeling reanimeren wiens hoofd men onder water houdt,’ klonk het fijnzinnig. Maar tegelijkertijd moest hun nieuwe status van weldoorvoede en goedgeklede catechistjes wel zichtbaar blijven voor de andere, quasi-naakte dorpelingen: dat stak de ogen immers uit. De missie werd een middel tot materiële welstand. Per kind dat het dorpshoofd naar de kapelboerderij liet gaan, kreeg hij een geschenk. Het was dus niet vreemd dat een van hen ooit sprak: ‘Blanke, kom mijn dorp eren, bouw er je huis, leer ons leven als de blanken. We zullen je onze kinderen geven en jij zult er mindele ndombe van maken, zwarte blanken.’
Missieposten werden grootschalige boerderijen en etalages van een ander leven. Het aantal dopen schoot omhoog. De jezuïeten alleen al bekeerden tussen 1893 en 1918 zo’n twaalfduizend mensen. In 1896 hadden ze op hun post Kisantu vijftien koeien, in 1918 meer dan vijftienhonderd. Er was een schrijnwerkerij, een hospitaaltje en zelfs een drukpers. Afgestudeerde leerlingen bleven op de missiepost wonen om te trouwen. Ze werkten er als boer, timmerman of drukker en stichtten er gezinnen. Net als bij de protestanten ontstonden zo dorpen die niet onder het gezag van een inlands hoofd vielen. Het dorp met zijn ontelbare contacten en velerlei vormen van solidariteit raakte ondergeschikt aan het monogame gezin. Andere religieuze ordes namen de formule van de kapel-boerderij over, maar het systeem kreeg ook hevige kritiek te verduren. Om hun doopregisters te spekken waren de missionarissen er nogal snel bij om kinderen als ‘wezen’ te beschouwen, ook wanneer er volgens Afrikaanse traditie nog voldoende verwanten waren om hen op te voeden. Toen de slaapziekte uitbrak, werden kinderen massaal weggeplukt uit hun dorp. ‘Het resultaat was desastreus,’ besefte een tijdgenoot, ‘en dat heeft ons gehaat gemaakt bij de inboorlingen.’